Skyguide litt 2021 finanziell stark unter den Auswirkungen der Corona-Pandemie. Laut Mitteilung machte das Schweizer Flugsicherungsunternehmen 2021 einen Verlust von rund 119,7 Millionen Schweizer Franken (umgerechnet rund 116,6 Millionen Euro). 2020 hatte das Unternehmen noch ein Minus von rund 164,6 Millionen Schweizer Franken (umgerechnet rund 160,4 Millionen Euro) erwirtschaftet.